《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列,故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了,博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质,而现在这些物质已经受到了破坏,大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤,可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务,为了帮助大家,博士送来一只名叫兔智的机器人,它不仅智慧超群,还拥有各种能力,在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想,他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们,发誓要得到超级萝卜。
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